药物所自主开发化合物结构式暂不对外公开，外单位可通过线下签订协议的方式合作。
其中对外开放的化合物库包含了3类亚库：
多样性小分子化合物库（类天然产物）：
数量约80万种;充分考虑其多样性、系列衍生物、特殊结构、类药性、知识产权、更新机会、重复供应（再合成）、纯度和质控标准等因素。包括以下子库：
1、Maybridge Library_30,000 cpds
2、Chemdiv Scaffold Library-10,000 cpds
从ChemDiv核心库中精选出来的代表性类药化合物。
3、ChemDiv SmartTM Library-53,200 cpds
该库由AI辅助设计，采用生物电子等排策略、模仿已知活性化合物定向合成的类药分子集合。
4、Selleck Express-Pick Library-4208 cpds
Pfizer来源的类药化合物。
5、BMS代表性核心库-Chemdiv_280,000 cpds
该库是基于Bemis-Murcko scaffolds（BMS）概念，从Chemdiv 160万库存小分子中选取28万个具备类药多样性小分子。
6、ChemBridge Library_400,000 cpds
Chembridge-400K 多样性库中的化合物均经过精心挑选，具有广泛的药效团空间覆盖范围和化学结构多样性，类药性参数和化学基团过滤器与3D 构象分析和2D 结构相似性分析相结合，用于构建药效团覆盖率高，包含优质的类先导化合物和类药化合物的400K多样性库。
天然产物化合物库：
包括糖类和糖苷、苯丙素类、醌类、黄酮类、萜类、类固醇、生物碱等。除第6个子库外其他都是从植物、动物或微生物提取的纯天然产物化合物，结构新颖，是生物活性小分子筛选和药物开发的理想选择。其中不乏有单价极高的稀有天然产物。
1、TargetMol Natural Compound Library-1090 cpds
2、TargetMol Natural Product Custom Library for HTS-2179 cpds
3、Chemdiv Drug-like natural custom compound library-288 cpds
4、Analyticon Natural Product Library-1700 cpds
5、Selleck Natural Product Library-2370 cpds
6、BBP Natural Product Library-4000 cpds
活性药物库：
已知活性化合物的生物学效应已经得到验证，包括上市药物库和临床期药物库，一般比较容易透过细胞膜，靶点比较明确，作用于细胞内特定的靶蛋白，调控细胞内的信号通路，是小分子药物发现和老药新用的重要来源。
1、Targetmol-Approved Drug Library—1818cpds
1818种获得上市批准的原料药的集合。
2、Targetmol-Clinical Compound Library_960 cpds
960种临床期药物的集合。