2月23日，中国共产党党员、中国科学院院士、著名分析化学家、中国医学科学院药物所周同惠院士因病医治无效逝世，享年95岁。
8月，首位临床药学专业毕业生许婷婷博士生顺利毕业，并被北京协和医院录用。
12月18日，蒋建东所长获聘中国医学科学院学术咨询委员会学部委员。
6月20日，“药物研究所新药创制产学研基地”顺利通过竣工验收。
8月8日，药物所于德泉、周同惠和韩锐三位专家获聘中国医学科学院学部委员会委员。
9月，为庆祝新中国成立70周年，中共中央、国务院、中央军委颁发“庆祝中华人民共和国成立70周年”纪念章，药物所共有26名同志喜获殊荣。
12月，药物所被评为“重大新药创制”科技重大专项第一批优秀课题承担单位。
12月10日，药物所于德泉院士荣获吴阶平-保罗•杨森医学药学奖特殊贡献奖。
6 月26 日，《药学学报》英文刊（APSB）首个影响因子公布，达到6.014，跨入Q1 区，位列Pharmacology & Pharmacy 学科类别所有261 本期刊的第16 位。
10月8日，药物所入选科技部创新人才培养示范基地（第2017RA5005号）。
12月28日，药物所六十华诞纪念大会在新药创制产学研基地顺利举行。
7 月31 日，药物所被批准为国家公益二类事业单位。
12 月28 日，由教育部学位与研究生教育发展中心（学位中心）组织的第四轮学科评估结果在教育部网站正式发布，北京协和医学院基础医学、药学和生物学3 个学科获评A+。药物所是协和药学学科教育的主要承担单位之一。
4 月1 日，中国共产党中国医学科学院药物研究所第一次党员代表大会隆重召开。
“化学药物晶型关键技术体系的建立与应用”项目获得国家科学技术进步二等奖。
7 月27 日，以药物所为核心单位之一的北京协和医学院药学院成立。
7月，北京药研劳动服务中心改制为北京先农医药科技有限公司。
11 月20 日，由药物所主办，北京协和药厂承办的“产学研一体化建设论坛”在药物所新药创制产学研基地隆重召开。论坛结束后，举行了中国医学科学院药物研究所新药创制产学研基地研发楼奠基仪式。
“人工麝香研制及其产业化”项目获得国家科学技术进步一等奖。
9 月22 日，药物所于德泉院士荣获第五届“全国杰出专业技术人才”称号。
“中草药微量活性物质识别与获取的关键技术及应用”项目获得国家科学技术进步二等奖。
11 月21 日，我国著名药物化学家和有机化学家、中国科学院院士、药物所合成药物化学研究室黄量院士在美国逝世，享年93 岁。
9 月1 日，药物所在大兴工业区金日科技园租赁了约4500 平方米实验室，作为药物所二部投入使用，解决了有关科室及引进人才空间不足的问题。
6 月，《药学学报》英文刊（APSB）创刊，药物所蒋建东研究员担任主编，主办单位为药物所和中国药学会，出版单位为《药学学报》编辑部和荷兰ELSEVIER 出版社。
10 月13 日，药物所“天然药物活性物质与功能国家重点实验室”获得科技部批准建设。
12 月17 日，以药物所为核心单位之一的中国医学科学院药物研究院成立仪式暨药学论坛在北京隆重召开。药物所蒋建东所长担任药物研究院院长。
2 月27 日，我国著名药理学家、中国工程院院士、药物所药理学研究室刘耕陶院士逝世，享年77岁。
5 月21 日，全国人大常委会副委员长桑国卫率“重大新药创制”科技重大专项检查评估组莅临药物所。
1 月21 日， 卫生部副部长刘谦一行到药物所就“重大新药创制”科技重大专项组织实施工作进行了专题调研。
9 月29 日，我国著名药物化学家、中国科学院院士、药物所合成药物化学研究室梁晓天院士逝世，享年86 岁。
“丁苯酞原料及软胶囊”项目获得国家科学技术进步二等奖。
2 月4 日，卫生部部长陈竺一行到院校调研医学教育科技改革发展等问题，期间来到药物所就新药创制重大专项等工作进行调研座谈。
5 月30 日，药物所在汶川震后向科技部建议“针对灾区水源污染问题进行检测方法标准研究”项目正式启动。该项目成功建立了国家标准《水质组胺等五种生物胺的测定高效液相色谱法》。
“国家一类抗肝炎新药双环醇的研究” 项目获得国家科学技术进步二等奖。
5 月17 日，药物所研制的抗非典型肺炎新药“西维来司钠”获得国家食品药品监督管理局批准进行临床试验研究。
10 月28 日，中共中央政治局委员、北京市市委书记刘淇在院校党委书记刘谦等陪同下，到药物所所属企业北京协和药厂生产基地参观视察。
1 月22 日，卫生部党组副书记、副部长王陇德一行在院校长刘德培、院校党委书记刘谦的陪同下视察了药物所。
4 月28 日，在中国医学科学院中国协和医科大学新药安全评价研究中心的基础上，由药物所与北京建昊高科技发展股份有限公司合作组建成立北京协和建昊医药技术开发有限责任公司。
10 月23 日，为实现药物所“国家新药开发工程技术研究中心”的市场化运作，药物所与北京市金工投资管理公司合作组建成立北京科莱博医药开发有限责任公司。
11月7日，中国医学科学院中国协和医科大学新药安全评价研究中心成立，中心挂靠在药物所。
“抗肝炎新药双环醇的研究”项目获得 “九五”国家重点科技攻关计划优秀科技成果奖。
4月，于德泉院士被评为全国先进工作者。
11月，在北京大兴科技开发区成立北京联馨药业有限公司（药物所与山东济南中药厂、上海市药材公司、中国药材公司四家单位共同投资生产人工麝香）。
12月，于德泉研究员当选为中国工程院院士。
《亚洲天然产物研究杂志》创刊，同年被SCI 收录。该刊由英国Taylor&Francis 出版集团与药物所合作出版，版权属于Taylor&Francis 出版集团所有，药物所梁晓天院士被聘为主编。
“抗肿瘤新药紫杉醇的研究与开发”项目获得国家科学技术进步三等奖。
4月22日，国家科委批准药物所进行“国家新药开发工程技术研究中心”的建设。
“紫素( 紫杉醇注射液) Paclitaxel Injection”项目获得国家级新产品。
“常用中药材品种整理和质量研究”项目获得国家“八五”科技攻关重大科技成果奖。
“葛根素注射液的研究”项目获得国家科学技术进步三等奖。
10月31日，药物所东科研楼维修改造工程竣工。
“新抗肿瘤药--甲异靛”项目获得国家发明三等奖。
5月24日，全国人大副委员长吴阶平考察药物所大兴新药开发试验基地（北京协和制药二厂）。
11月11日，经国家科委批准，“国家药物及代谢产物分析研究中心”在药物所成立。
12月，刘耕陶研究员当选为中国工程院院士（首批）。
5月，北京协和制药二厂获得全民所有制与集体所有制联营企业法人营业执照。
4 月28 日，药物所西科研楼竣工，建筑面积共约9700 平方米。
“兴奋剂检测方法的研究与实施”项目获得国家科学技术进步一等奖。
“中草药有效成分的X- 衍射晶体结构研究”项目获得国家科学技术进步二等奖。
周同惠院士荣获全国五一劳动奖章。
“食管癌癌前阻断性治疗”项目获得“七五”国家重点科技攻关专题奖。
11 月，周同惠研究员当选为中国科学院学部委员（院士）。
“治疗脑血管新药-- 尼莫地平的研制”项目获得国家科学技术进步二等奖。
中国医学科学院药物所实验药厂大兴分厂（北京协和制药二厂前身）获批建立。
1 月20 日，药物所召开第一届职工代表大会，建立职工代表大会制度。
7 月，《中国化学快报》创刊，药物所梁晓天院士担任主编，编辑部设在药物所。
国际奥委会主席萨马兰奇视察药物所兴奋剂检测实验室。
“金水宝的研究”项目获得国家科学技术进步三等奖。
8 月21 日，药物所新疆分所在乌鲁木齐市正式成立，药物所赵知中所长兼任新疆分所名誉所长。
“食管癌癌前阶段的营养和药物阻断”项目获得“七五”国家重点科技攻关专题奖。
“抗病毒合成药-- 酞丁安”项目获得国家发明二等奖。
“新药维胺酯的研制及其在皮肤科上的应用”项目获得国家科学技术进步三等奖。
“血卟啉--激光诊治癌症的研究--光辐射治疗剂的研究”项目获得“六五”国家科技攻关奖。
“dl-15-甲 PGF2α 甲酯 (PG05) 的研究”项目获得“六五”国家科技攻关奖。
“联苯双酯类药物的研究、病毒性肝炎药理模型的研究”项目获得“六五”国家科技攻关纪念证。
“联苯双酯”项目获得第35届布鲁塞尔尤里卡世界发明金质奖。
“光敏辐射剂的研究”项目获得“六五”国家科技攻关奖。
“海南粗榧抗癌有效成分的研究”项目获得国家科学技术进步一等奖。
“抗变态反应新药色羟丙钠”项目获得国家科学技术进步三等奖。
3 月9 日，药物所赵知中所长与日本大正制药株式会社上原明会长在大正公司签订合作协议，开启了药物所与大正公司的第一个五年科技合作工作。
7月，药物所成立北京药研劳动服务中心。
“栽培黄连的玉米和造林遮荫技术”项目获得国家发明三等奖。
1 月3 日，中国医学科学院药物所实验药厂完成工商注册获得《工商企业营业执照》为独立核算的全民所有制企业。
8 月22 日，经卫生部批复，同意药物所下属三个药用植物试验站（场）及药物所的栽培室、植物室的一部分改建为中国医学科学院药用植物资源开发研究所。
“治疗慢性肝炎新药--联苯双酯”项目获得国家发明三等奖。
“胆碱能神经阻滞新药--樟柳碱”项目获得国家发明三等奖。
“新药氢溴酸山莨菪碱( 包括天然品 654 及合成品 654-2)”项目获得国家发明二等奖。
11月，黄量、梁晓天研究员当选为中国科学院学部委员（院士）。
12月，“天麻有性繁殖--树叶菌床法”项目获得国家发明二等奖。
4月1日，经卫生部批准，药物所抗菌素系与药物所分开，恢复抗菌素研究所建制。
7月，《药学学报》复刊，编辑部设在药物所。
药物所32个项目在1978年全国科学大会上获奖。
药物所31个项目在1978年全国医药卫生科学大会上获奖。
药物所恢复研究生招生。
8 月3 日，经中国医学科学院军管会、革委会决定：中国医学科学院抗菌素研究所与药物所合并，合并后的名称为药物研究所，原抗菌素研究所为药物所抗菌素系。
由中国医学科学院药物研究所在海南省万宁市兴隆镇创建“海南药用植物试验站”。
4月，卫生部委托云南省卫生厅在西双版纳建立热带药用植物研究基地。 黄量研究员被评为全国“三八”红旗手。
8 月15 日，经中华人民共和国卫生部批复，同意中国医学科学院建立实验医学研究所等五个研究机构，其中包括建立药物药理研究所（由当时的药用植物学系、药物化学系、药理学系组成），即中国医学科学院药物研究所。
10 月10 日，卫生部任命王敏为药物所第一任所长，任命胡振凯为副所长。
药物所创建中国医学科学院药物所实验药厂。
